А если есть 2 действующих заграна РФ, то можно один в оригинале подать, а второй только в копиях?

Да.

Копии всех страниц второго паспорта+ заявление о том что хотите оставить его себе.

Только второй загран надо принести на подачу и копии и оригинал и написать заявление что оригинал хотите оставить себе.