А можно ли расплачиваться банковской картой в Токио? Либо где можно снять будет йены по визе в банкомате?(кыргызский банк например) Либо же лучше только наличкой всюду и везде?

Работают карты не РФ на оплату и снимание наличных, платите как хотите.

Много где можно оплачивать киргизской картой. У меня Демир и Бакай. Проверьте только, нет ли региональных ограничений. В паре мест не сработало, но это не от того, что именно киргизская, а потому что все иностранные карты там не работали.