Подскажите, пожалуйста, JR маршруты можно оплачивать айсиокой или обязательно приобретать билет?

Айсиокой нельзя, а вот Икокой (icoca) можно)). Но есть нюанс, который касается не только Jr. На экспресс-поезда (скайлайнер и другие аэроэкспрессы, синкансены и тп) потребуется доплатить отдельную мзду. И по транспортной карте её оплатить весьма затруднительно, поэтому придётся заранее покупать билет в кассе или автомате.