Планирую рейс из Кишинёва в Новосибирск через Стамбул. Без багажа, 2 разные авиакомпании, у обеих есть онлайн регистрация. Надо ли будет в Стамбуле выходить в город или всё решится без выхода?

Выходить в сам город не потребуется ( ну если лично вам не нужно) Но таможню и погран проходить два раза надо. На прилет и потом на вылет.

Да, надо будет в Стамбуле пройти паспортный контроль, получить багаж, подняться на этаж выше. Зарегиться на второй рейс, сдеть багаж, пройти паспортный контроль и лететь дальше.