Подскажите, пожалуйста, если я заезжала в казахстан по загранпаспорту 1, но у меня есть и второй и заканчивается РВП, могу ли я сделать новое РВП на второй паспорт?

Нужно делать на тот по которому въезжали. Если на другой хотите там не будет отметки о пересечении границы.

Можно. Откорректировать иин в ЦОН, и к заявке приложить оба паспорта, но документы все на тот, по которому будет РВП.