В Мисрад Апним в Хайфе требуют справку об отсутствии судимости из России. Я взяла эту справку в Генеральном Консульстве в Хайфе.

Вполне законны требования.

Запишитесь в отделение в другом городе, часто в других отделениях не требуют.

Требования в израильских присутствиях часто зависят от конкретного сотрудника. Сходите в другое отделение, вполне возможно у вас такую справку примут, или в то же отделение в другой день и к другому сотруднику (если вам не отказали на уровне главного начальника).