Скажите пожалуйста есть ли разница в курсе долларов в Индии, если купюры в 50 и 100?

Местные любят круглые (100). Если не хотите париться, берите их.

50 как правило обычно чуть дешевле, примерно как старые доллары На пару рупий меньше будут давать за доллар.