Скажите, пожалуйста, какие документы нужно сделать самозанятому, чтобы поехать в Японию?

Если фрилансер - справка о постановке на налоговый учет ФЛ в качестве налогоплательщика налога на профессиональный доход - Берется в приложении Сбербанка + копия свидетельства ИНН)

Можно просто выписку со счета. Всякие справки с работы или самозанятого - не являются обязательными.

Выписка о доходах как самознятый через приложение.