Вывоз имеется ввиду только в РФ? Если летишь из Японии в другую страну то нет ограничений?

Если конечная РФ, то ограничение остается на месте.

В большинстве случаев если раздельный билет то не будут проверять. Типа Токио-Сеул.

Ограничения только для РФ и Беларуси. В другие страны - нет ограничений, но нужно понимать, что это именно полёт в другие страны, где конечный пункт не РФ. Потому что например транзитные рейсы через Китай в Москву- это все равно рейс в РФ.