Подскажите пожалуйста, я запуталась в этих проездных дорогах ж/д есть маршрут Токио - Хаконе, Хаконе - Киото, Киото - Осака, в разные даты, где брать билеты заранее на каком из кучи сайтов?

Если есть иностранная карта, то заводите Suica в Apple Wallet и платите ей за электрички Токио - Одавара и Киото-Осака. Далее покупаете Hakone pass (не помню сайт, спросите Гугл) для перемещения от Одавара до Хаконе и по Хаконе, это реальная выгода. Синкансен Одавара - Киото покупаете на smart-ex jp.