Скажите, а очередь в консульство граждан и не граждан Израиля (в Москве) - это 2 разные очереди? Смотрю очередь по паспорту Израиля - ближайшая запись аж на ноябрь. По загранпаспорту РФ - уже в июне.

Разные, зависит от того какую услугу вы хотите. Условно неграждане - это получение разных виз и справок + отдельный поток репатриантов, граждане - обновление заграна, регистрация ребенка/брака, получение справок.