Мне вот интересно собираюсь лететь из Парагвая в санкт-петербург и там пересадка 46 минут как они успеют перекинуть мой багаж???

С большой вероятностью не успеют. Если вы сами и успеете на стыковочный рейс, то багаж прилетит потом отдельно от вас или потеряется. Я бы так не делал. Тем более, возможны задержки рейсов.

Если билет единый и вы опоздаете на стыковку не по своей вине, то вас бесплатно пересадят на следующий ближайший рейс.

Минимальное официальное время стыковки в PTY 30 минут. Поэтому авиакомпании могут продавать билеты с этим временем стыковки и большим. При этом вы должны сами понимать, что есть риск, что багаж не полетит с вами одним рейсом. А если нет багажа - то нет проблем.