А кто-нибудь знает что будет если лететь через Стамбул и надо будет пройти паспортный контроль, а у меня запрет на въезд? Они просто не пустят в другую часть аэропорта или будет какая-то депортация?

Если вы с багажом, то надо что бы багаж летел сразу до пункта конечного. Если с получением багажа, то явно придется выходить. Это надо у перевозчика узнавать. Если без багажа и вы турецкими авиалиниями, то в транзитной зоне есть стойки регистрации.

На сайте визового центра есть оформление транзитной визы. Может вам посмотреть в эту сторону?