Как понять какие поезда относятся к JR проездному, а за какие надо доплачивать? Речь не о местах и зеленом вагоне.

В гугл картах или navitime показывают название линий, по которым едете. В навитайм сразу можно строить маршрут с учето м jr pass. Например, в Киото станция киото - это JR Kyoto, но есть еще такая же станция на линии Hankyu - называется Kyoto Kawaramachi. Если посмотрите по карте, то значки разные у станций метро и разных линий электрички.