Кто-нибудь может посоветовать природные онсены, недалеко от Киото или Токио (ну может час-полтора езды на общественном транспорте)? В обоих городах будем проживать по 6 дней, поэтому есть возможность в один из дней отлучиться.

В Хаконе от Токио как раз полтора часа

В никко есть онсены

В хаконе

Арима. Из Киото - в Осаку, из Осаки в Кобе, оттуда в Арима.

Вам в Арима Онсен. Где-то час от Киото, сначала на прямой электричке до Sannomiya, там на автобус и еще минут 30-35.

Про саму Ариму почитайте у Врена. Место хорошее, душевное, лучше Хаконе.

В Ариму идет прямой автобус от станции Киото, где автостанция. Кассы в тц находится. Название Тц начинается на букву А, не помню название.