Подскажите, если разрешение на въезд на Сейшелы не пришло, посадят ли в самолёт аэрофлота? Теоретически можно и в аэропорту на Сейшелах его дождаться?

Не пустят. Если вы без багажа можете пройти на посадку на свой страх и риск по электронному посадочному.

Проверяют у нас в порту.

Будет зависеть от сотрудника на стойке регистрации и на выходе из гейта при посадке. Есть платное оформление разрешения, делается за час, пишите в поддержку.

Если вы без багажа, можно попробовать сделать электронный посадочный, и идти с ним, там не проверяют уже. Но лучше все-таки писать в службу поддержки и просить экстренно дать разрешение. А оплатить его наличными по прилету (80 евро вроде).