Подскажите пожалуйста, если я поеду в Европу по Израильскому загран паспорту, то 90 дней без визы можно находиться суммарно во всех странах Шенгена или это в одной конкретной стране (

По идее - сумарно... Ведь когда вы переезжаите из одной страны ЕС в другую, у вас зачастую даже загранник не проверяют... То есть при вылете будут смотреть вцелом на отметку въезда в еврозону.

Считают по сумме. У Израиля есть соглашения со многими странами шенгена, позволяющее продлить период нахождения в стране. Но тм скорее всего не считают ordinary passport (даркон), вам лучше уточнить есть ли у вас возможность задержаться, написав запрос в консульство страны, в которой планируете превысить срок пребывания. И могут быть сложности с доказательством пограничнику почему вы превысили срок (что у вас такое право есть по ТМ и что вы им воспользовались)