Скажите есть контроль в Австрию? Едем на FLIXBUS в Вену с ВНЖ?

Чаще нет, чем да.

Есть контроль, прямо на границе, всех останавливают, проверяют документы у всей машины. Автобусы тоже в очереди стоят. В пятницу вечером очередь была на 5 машин, в воскресенье вечером на 5 километров.

Ездили во вторник. Никого не было.

С ВНЖ никаких проблем даже при контроле. С Шенгеном тоже.