Если Шенген уже просроченной и сидишь на дульдунге в Германии есть какие-то варианты открыть ИП в Португалии и переехать? Или может по учебной визе?

Да, можно открыть ИП в Португалии и податься по статье 89.2. Но если виза истекла, придётся в ожидании ВНЖ (это где-то полтора-два года) оставаться в Португалии. Кроме того, если въезд с просроченной визой, то лучше бы отказаться от льгот и платить соцвзносы с первого месяца деятельности ИП.