Покупаем билеты из Алматы в Кишинев, через Стамбул. Но не понятно, в какой аэропорт Стамбула самолёт прилетает и откуда улетает.(( Могут быть варианты? Авиакомпании Туркиш и Флай.

Когда действительно будете покупать, увидите. Если билет единый и компания Turkish airlines, пересадка в новом аэропорту IST. FlyOne тоже из Стамбула в Кишинев летает из нового аэропорта IST. В этом случае билеты будут разные.