Скажите пожалуйста имею паспорт РФ и РМ оба паспорта на разные фамилии и действительны, не успел поменять фамилию в молдавском паспорте, собираюсь ехать в Молдавию как мне быть, может кто-то сталкивался с такой проблемой?

Ну вы покажите документы, которые подтверждают смену фамилии и скажите, приехал домой навести порядок. Вот я был Иванов, сменил Фамилию на Попов, вот документ в РФ, вот мой паспорт.

И в чем проблема ? Вы в Молдове пока под старой фамилией , берите решение о смене фамилии , по приезду поменяете булетин и паспорт на новую фамилию.