Кто-то может порекомендовать, какое и где (в каком районе) лучше брать жильё в Токио на двоих на 3 дня?

Лучше, конечно, в Ritz-Carlton. И район отличный - рядом Сибуя и Императорский дворец.

В районе станций asakusa, kuramae, ningyocho, ikebukuro на мой взгляд оптимальнее всего в соотношении цены (50-100$ макс за ночь много отелей)