Сын хочет полететь в Молдову у него два гражданства но билет хочет купить на молдавский паспорт не будет ли проблем у него во Внуково?

Если не забудет показать российскому пограничнику российский паспорт (загранпаспорт), то не будет.

При наличие двух гражданств билет можно покупать на любой паспорт , самое главное выезд из аэропорта РФ по загранпаспорту РФ или по внутреннему паспорту РФ до Еревана ( если через Ереван). Если другой маршрут значит везде показывает загранпаспорт РФ а в аэропорту Кишинева показывает загранпаспорт МД , могут в любой момент спросить про второй паспорт , как в аэропорту РФ так и в Ереване ( видят что билет оформлен по другому документу). Но по факту пропускают . Если попытаетесь вылететь по загранпаспорту МД получит штраф и запрет на вылет. Сейчас информация есть в базе о том что он уже гражданин РФ ( граждане РФ обязаны выехать из РФ и въехать только по загранпаспорту РФ или например до Еревана по внутреннему связи с соглашением о безвизовом въезде-въезде).