Подскажите, пожалуйста, в какой отель лучше заселиться в Токио? В идеале в шаговой доступности от метро, ближе к центру.

Достопримечательности очень сильно разбросаны по городу. Можете сосредоточиться на каком то районе и пешеходных активностях в нём и взять ближе к метро. Кататься на метро в любом случае придется много. Берите какую нибудь APA, не прогадаете.