Купили на следующий билеты Москва-Стамбул-Мюнхен ( повелись на низкую цену билетов) и хотели поехать на весь срок в Италию( Ливиньо)

А у вас нет возможности аннулировать сегмент Стамбул - Мюнхен? Тогда вы бы просто получили багаж в Стамбуле и оттуда сразу полетели в Италию. Открывать итальянскую визу желательно в Италии - и не только потому, что с немцами могут возникнуть проблемы, а в т. ч. чтобы в дальнейшем не было проблем с получением итальянских виз.

Далась вам эта таможня... Что вы такого возите, что без таможни никак. Подадите с билетами до Мюнхена, потом билетами в Италию. И у немцев на погранконтроле вопросов не будет - вы заявили маршрут при обращении за визой, вы его выполняете.