У сына немецкий ПМЖ, уехал из РФ в 14 лет, приехал сейчас в Москву впервые для оформления документов, там нигде не прописан, не зарегистрирован.

Непонятно про какой документ вы говорите, в целом ничего подобного не требуется. Он может свободно выезжать из страны, кроме только если не наложены ограничения (долги и тп).

Могут спросить уведомил ли о своём внж МВД, но вроде на этом основании никого ещё не задерживали.

Как он въехал в Россию? С Российским заграном? Тогда нормально.

У него есть штамп в загранпаспорте или справка, что он стоит на учёте в консульстве РФ в Германии,?а та же вклейка от АБХ с ВНЖ?

Он будет первый паспорт получать? Там должны вроде поставить штамп, что не стоит на регистрационном учёте в РФ. У меня стоит штамп "с учёта снята", Вместе с наличием регистрации за границей это значит, что нерезидент. Хотя вроде многие даже оставляют регистрацию в РФ и при этом нерезиденты. Есть же немецкий документ с пропиской и адресом в нем.