Я правильно понимаю, что если туристическая виза Японии действует 90 дней, можно все 90 дней находится на территории Японии, или все таки не более 30 дней?

Если у вас однократная и именно на 90 дней (не коридор въезда а сама виза) то да, официально вы можете находиться все эти дни (даже если подали доки допустим на 40 дней, планы могут ведь меняться) а если у вас будет мульт, то строго за одну поездку не более 30 дней, за пол года не более 90 дней и за год не более 180 дней.