Можно ли попасть в Эстонию через границу с Россией, если есть только украинское свидетельство о рождении (Крым) и российский загран?

Нет. Свидетельство о рождении вовсе не подтверждает ваше украинское гражданство. А с РФ заграном без визы и без родственников в Эстонии вас не пустят. Да даже если б у вас и был укропаспорт - вас бы в Эстонию всё равно не пустили ( скорее всего, так как вы гражданин РФ)