Пустят ли меня во Францию через Эстонию с ресеписсе (положительное решение уже принято о виде на жительство)?

Если это официальное продление визы Д, то должны. Документ должен обладать правом проездного документа при пересечение внешних границ.

По правилам напрямую. Если поедете через Эстонцев, то есть два варианта. Будут связываться со страной выдачи. Долгое время проведете на границе или решат не заморчиваться и развернут.

Если у вас первое récépissé, то оно не позволяет путешествовать по Шенгену. Со вторым можно, а с первым нельзя. Другое дело, что при передвижении наземным транспортом по зоне Шенгена, редко проверяют документы, но стоит ли рисковать?