Подскажите, пожалуйста, как легализировать в Испании справку о несудимости (для получения гражданства Испании), полученную электронно через госуслуги?

В Испании никак. На справку нужен апостиль, а его ставят только в стране выдачи документа, то есть в России. Вам теперь эту справку нужно распечатать, заверить у нотариуса ее подлинность и потом в МВД за апостилем. Если у вас кто-то остался в России, это можно сделать без вашего присутствия.