Подскажите пожалуйста могу ли я рабочую визу в Японию на 3 месяца когда она закончится переделать на учебную или продлить на год.? За ранее спасибо... .

Переход без выезда возможен только с одной долгосрочной визы на другую. У вас таковых нет, поэтому если речь идёт "можно ли мне на месте это сделать" то нет, надо уезжать и заново все делать на нужный срок. Для точной информации лучше позвонить в посольство японии)