Подскажите что будет плохого если открыть французский Шенген допустим в Греции? В следующий раз отказ придет или как, нужно в Грецию, а делать крюк через Париж экономически дорого.

Вряд ли отказ, скорее дадут на меньший срок.

Французы не отслеживают корректность использования своих виз. Это может измениться, но на данный момент так. Другое дело, что к вам могут быть вопросы у авиакомпании и греческих пограничников, поэтому стоит подготовить соответствующую легенду и подкрепить ее бронями гостиниц.