Подскажите пожалуйста, нахожусь в Казахстане менее 90 дней, в процессе оформления РВП ( по трудовому договору).

Продлить можно находясь в Казахстане. Если РВП заканчивается и вы его не продливаете, чтобы 90 начали работать надо выехать до срока окончания РВП и заехать после его истечения. Есть случаи когда после нескольких последовательных продлений, могут попросить выехать и снова заехать, чтобы оформить новый РВП.