Подскажите пожалуйста, где и как надо получать скипасы если я правильно название понимаю, для более бюджетного перемещения для туристов между городами Японии? Спасибо.

Скипас это что-то из горнолыжного.. Вы, наверное, про JR pass. Его вы покупаете в своей стране, получаете ваучер, а уже в Японии обмениваете на проездной в сервисных центрах JR (есть в аэропорту и на жд станциях)