Для визы в Канаду подойдут электронные апостили? Я имею в виду, как тогда проходит процесс подачи диплома дальше в WES? Кто нибудь так делал? Или лучше по старинке получить в бумажном виде все?

Вы с какой страны? Лично я бы делал по старинке, так как это проверено(теперь и мной лично тоже),что все ок, а вот в электроном виде я бы не делал. Обычно у ВЭС в требованиях к стране все более чем подробно описано что где и как. Но вы лучше подождите, может у кого и был такой опыт и отпишется.