Планируем поездку на начало апреля, подскажите, пожалуйста, по проживанию в Токио-смотрю на 6 ночей если, то на троих ценник получается 100+. Это адекватный ценник? У кого какие варианты по размещению?

Для Токио 110-130€ ночь - это норм, средняя цена. Дешевле только окраины ( разоритесь на проезде) или хостелы.

Я бронировал APA на их сайте с оплатой на месте, вышло порядка 12 тысяч за ночь за двоих (с завтраками). Даты те же.

100+ это чего, в каких деньгах? Если рубли, то в пересчете не йены (а в Японии все расчеты именно в них) получается порядка 27 тыс йен/ночь, это очень крепкая цена, можно красиво жить за такие деньги даже втроем .

У нас на март (район Шинагава) бюджетный оч маленький отель ~60$ за двоих с завтраком/сутки.