Подскажите - если билет с Тайланда до Сингапура с пересадкой на Филиппинах, будет считаться что я с Тайланда прилетел или с Филлипин? Мне нужно вернуться в Тайланд.

В такой ситуации есть большой шанс, что вас на самолёт в Таиланде не посадят. Если вдруг посадят, то в аррайвал кард вы укажете Филиппины, поэтому возможно вас и пропустят. Но риски имеются.

Будет считаться, что с Филлипин.