Подскажите пожалуйста есть ли разница с какой страны подаешь в Канаду? Допустим мы граждане Украины, но будем подавать из Германии на ЕЕ.

На количество баллов местонахождение не влияет. Подтверждение образования - по стране получения. Смотрите на сайте Wes (например) требования применительно к Вашей ситуации.