По приезду во Вьетнам же ставится штамп на 45 дней, по истечении этих дней я могу купить е-визу на 90 дней? Или если я планирую на 90 дней приехать, то сразу нужно покупать визу на 90 дней?

Лучше и дешевле сразу. Новая виза активируется только на границе.

Либо штамп получаете на границе, либо визу оформляете заранее. При оформлении визы с территории страны высока вероятность отказа (при этом деньги не вернут). На визу подавать минимум за 4 рабочих дня, лучше- раньше. если хотите по штампу, то после него по истечению можете выехать в соседнюю страну на неделю, оформить и дождаться визы там как вариант.