При покупке авиабилетов Москва- Кишинев какой паспорт и гражданство указывать? У меня оба гражданства, РФ и МД.

На любой паспорт. Пограничники смотрят паспорт, а не билет, но в случае, если возникнут вопросы, вы всегда можете показать второй паспорт.