Годовой даркон заканчивается 12.06.24. Можно ли попасть в ЕС (Вильнюс) 09.05.24 ( за месяц до конца срока действия даркона) и можно ли уже поменять годовой Даркон на пятилетний , если прожили в Израиле 9 месяцев ?

Почитайте требования Эстонии к сроку действия паспорта. Вроде вот пишут. Литвы, конечно. Но суть та же.

Поменять можно через год с даты репатриации. Требования по сроку действия документа смотрите в официальных источниках Литвы.