Могу ли я, гражданин рф, зарегистрироваться в Павлодаре, и сделать уведомление о прибывании там же, но при этом работать в Алматы?

Думаю можете, но это незаконно. Если вы в Алматы работаете, то и живёте там, а значит уведомление должно быть оттуда. Я не рассматриваю здесь варианты с удаленной работой в принципе.