Что будет, если гражданин РФ выедет из Гонконга не через 14 дней (которые можно без визы), а, например, через 16 дней? Как на такое превышение разрешённого срока отреагируют при вылете на паспортном контроле в аэропорту Гонконга?

Могут применить административные меры, например, запрет на въезд, в том числе и на территорию материкового Китая. Лучше съездить в Макао или Шеньчжень, чтобы обновить срок пребывания и ничего не нарушить.

Штраф в веропорту заплатите . Не помню сколько. Но была такая ситуация два раза в жизни , потом никак не сказалось.

На первый раз почти безболезненно, составят протокол и могут штраф наложить. А могут просто сделать предупреждение без штрафа, но протокол составят. И в базу внесут. Времени потеряете от получаса примерно. Запрета на въезд в будущем не будет, тем более в материковый Китай. На первый раз точно! В качестве уважительной причины - медицинская справка, но лучше заведомо уведомить миграционную службу. Овчинка выделки точно не стоит. Отсутствие прямого рейса в конечную дату пребывания (14 дней) основанием нарушения сроков не является. Вообще никакие причины во внимание не принимаются.