Подскажите пожалуйста где я могу найти информацию о пересечении границы Эстония-Россия с прахом покойного?

Видимо, задать ваши вопросы по электронной почте пограничникам обеих стран. Правила могут сильно различаться от страны к стране.

На сайте или через обращение - в консульстве страны, куда везёте, в той стране , откуда везёте. Там , с пакетом документов, нужно будет или получать разрешение или заверять те документы, которые они укажут.

На emta есть спец отдел "смерть за рубежом" там все описано.