Собираюсь лететь по маршруту Испания-пересадка во Франции ( Париж, BVA) - Кипр.

Не заново, а просто проходить контроль. Между Испанией и Францией паспортного контроля нет.

Ryanair никогда не делает стыковочных рейсов, всегда самостоятельные стыковки. Думаю что 2 часа вполне хватит, если оба рейса в BVA. Главное чтобы первый рейс не опоздал.

Если летите из Франции на Кипр - Кипр не входит в Шенген и поэтому на этот сегмент должен быть пограничный паспортный контроль как во Франции, так и на Кипре. Из Испании во Францию, разумеется, пограничного контроля нет, но док-ты могут проверить сотрудники авиакомпании.