Рассматриваю вариант остаться в Португалии по manifestao 89. 2, но есть умеренный шанс что нужно будет покинуть Португалию до получения ВНЖ.

Если выедете после окончания визы, то проблемы могут быть Если до (не нарушите условия визы) то только с получением внж по манифесту, потому что подача манифеста не означает, что вам выдадут внж, вы просто ждете приглашение на прием.