Подскажите пожалуйста, если я прилетела в Таллин из Италии с итальянской визой, могу я переночевать и уехать в СПБ на автобусе утром или будут проблемы? Надо ехать ночью?

Я так ездила с шведским внж, проблем не было.

Туризм в Эстонию из стран шенгена не запрещён, так что можете погулять сколько хотите (в рамках действия визы)

Будут вопросы, если вы из С-П приезжаете в Таллин, и до Италии останетесь там на несколько дней.

Не будет проблем. И на итальянскую визу не повлияет. Вы совершаете транзит в страну проживания. Я правильно понимаю? Он разрешен. Насколько он должен быть мгновенным в правилах не прописано до минуты.