По какому паспорту покупать авиабилеты из Израиля в Россию?

Это к государствам и гражданствам отношения не имеет. Только к авиакомпании. Покупать можно на любой.

По любому, это не имеет значения. Авиакомпания может только спросить второй паспорт чтобы убедиться, что у вас есть право въехать в страну, но в случае Израиля и РФ это не особо актуально.