Я забронировала отель через букинг без предоплаты, но для визы Японии нужно оплатить. Зарубежная карта есть, но как теперь на самом букинге это сделать? Не могу найти это окошко.

Его может и не быть. Зависит от политики отеля. Если есть иностранная карта с остатком и выписка с неё, то платить не обязательно. Надо либо оплату отеля, либо зарубежный счет.

я попала в похожую ситуацию и не нашла, как можно оплатить отель позже, только в момент бронирования; в итоге я часть перебронировала, а часть оставила с оплатой по факту, для визы забронировала какие-то хостелы, после получения визы их отменила, сумма вернулась на карту.