Подскажите, для моей страны недавно выделили правительственные стипендии КНР и подача идёт через министерство.

Та, которая через министерство - это билатеральная стипендия. А есть еще университетская. Обе правительственные и у обеих одинаковый обьем выплат итп. В первом случае вашу кандидатуру должно одобрить министерство в вашей стране, во втором случае вашу заявку будет рассматривать конкретный университет и тоже должен одобрить сначала.